儿童肥胖病发原因多样，主要分为单纯性肥胖症和病理性肥胖症两类，其中单纯性肥胖症在儿童群体中最为常见，约占儿童肥胖总数的95%，而病理性肥胖症则是由其他疾病引发的，仅占儿童肥胖的5%。

单纯性肥胖症的发病原因尚不完全明了，一般来说，这与遗传、饮食习惯、生活方式、环境以及神经内分泌与能量代谢等多方面因素有关。具体来说，遗传因素在肥胖病发中起着重要作用，具有家族肥胖倾向的儿童，在父母双方肥胖的情况下，其子女肥胖的概率大约为70%至80%；如果父母中仅有一人肥胖，子女发生肥胖的几率大约为40%至50%；而如果父母双方都是瘦体型，子女发生肥胖的可能性则降至9%至14%。

喂养方式及饮食习惯也是影响肥胖的重要因素。过度的喂养，使得过多的能量转化为脂肪储存在体内，从而导致肥胖。饮食习惯和食品质量、数量受社会和家庭的影响，我国大部分城市家庭已达到小康水平，食物选择丰富多样，尤其是一些独生子女，除了摄入过多，还偏爱荤食、油腻、甜食和零食，使得能量摄入过多，肥胖发生率增高。

久坐的生活方式也是肥胖发生的重要危险因素。西方工业化国家的久坐生活方式，使得肥胖发生率上升。近十年来，这一趋势在我国也日益明显，比如学龄儿童缺乏运动，每天放学后要完成大量的课外作业，或者有的孩子长时间看电视。

环境因素对肥胖病发的影响是复杂的，包括社会因素、家庭文化水平、经济基础、生活习惯和环境污染等因素，这些因素都和肥胖病发有一定的关联。比如，在人们从贫困走向富裕的过程中，往往摄入碳水化合物过多，而蛋白质摄入不足，这种“小康型饮食”可能导致营养不良性的肥胖。

肥胖病发的根本原因是摄食过多和能量消耗过少，导致能量正性不平衡。目前，学术界普遍认为，调节摄食的中枢位于我们大脑的一个特殊结构——下丘脑，其外侧是饥饿中枢、内侧核是饱足中枢。多种复杂的因素可以作为信号物质，通过神经、体液向摄食中枢发出信号，促使摄食中枢调节摄食活动。

继发于其他疾病的肥胖，这部分的肥胖属于病理性肥胖。其发病原因就是原发病，比如皮质醇增多症、高胰岛素血症、甲状腺功能减退症、多囊卵巢综合征、劳-蒙-毕综合征、贝-韦综合征等疾病，这些疾病都可能导致肥胖病发。